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如果苹果手机桌面上的短信应用被删除，你可以尝试以下几种方法来恢复。
1、App Store重新下载：前往App Store，搜索“短信”或“Messages”，然后重新下载安装。
2、使用iCloud备份恢复：
如果之前开启了iCloud备份，可以通过恢复iCloud备份来恢复短信应用，进入“设置”-> “通用”-> “还原”-> “从iCloud备份恢复”。
需要注意的是，此操作会覆盖当前手机上的数据，请确保备份中包含所需的数据。
3、使用iTunes备份恢复：
如果使用iTunes备份手机，可以通过iTunes恢复备份来找回短信应用，连接iPhone到电脑，打开iTunes，然后选择设备并恢复备份。
如同iCloud备份恢复，此操作也会覆盖当前手机上的数据。
4、寻找隐藏版本：删除的App可能会在“隐藏”或“不再此iPhone上”的文件夹中，可以在桌面或文件夹中查找是否存在隐藏的短信应用。
5、使用第三方软件恢复：可以尝试使用第三方软件来恢复删除的短信应用，但请注意选择可信赖的软件，并确保从官方来源下载。
如果以上方法均无法恢复短信应用，可能是因为该版本的应用不再被提供或存在其他未知问题，在这种情况下，建议联系苹果官方客服寻求进一步的帮助，为了防止数据丢失，建议定期备份手机数据。